מבחוץ, שני סוגי התירגולים יכולים להיראות זהים (בעיקר כי שניהם מבוססים על תרגילי מזרון). אבל, לכל אחד מהם יש מטרה שונה ומקורות שונים.
יוגה היא שיטת תרגול בת אלפי שנים שמקורה בהודו. מעבר לתרגול של תנוחות, היוגה שמה דגש גם על חיבור בין גוף ונפש וגם על הנשימות. כאן למעשה נמצא ההבדל המרכזי. לעומת יוגה, פילאטיס הוא אימון שמטרתו לחזק את שירי הליבה, לשפר את הגמישות ולהגדיל את טווחי תנועה.
אז מה עדיף פילאטיס או יוגה? כמו שהזכרנו ההבדל ביניהם הוא בעיקר בגישה כך שזה תלוי בכם ובמה שאתם רוצים להרוויח מהתירגול. ההשפעה של כל אחד מהם על חיטוב הגוף תלויה בעצימות האימון.