תיק ניכויים מרכז את כל התשלומים שבעל עסק חייב להצהיר עליהם לרשות המיסים, כמו תלושי שכר לעובדים. העסקת עובדים היא גם הסיבה הנפוצה ביותר לפתיחת תיק ניכויים: המעסיק מנכה (מחסיר) משכר הברוטו של העובד את מה שהוא חייב לשלם על פי חוק ומעביר את הסכום לרשות המתאימה (כמו ביטוח לאומי, מס בריאות ועוד).
כל בעל עסק שרוצה להעסיק עובדים, גם אם הוא עוסק פטור, חייב לפתוח תיק ניכויים (אחרת לא יוכל להנפיק להם את תלושי השכר). לאחר פתיחת התיק, מדי חודש, המעסיק חייב לדווח לפקיד שומה על התשלומים ששילם ולהעביר את סכום המס שנוכה באמצעות בנק (גם אם הוא לא מעסיק עובדים בכלל).