כל פילטר הוא מעט שונה, וכדאי לעיין בהוראות הניקוי של הפילטר הספציפי שיש לכם. בקווים כלליים, נסביר איך מנקים פילטר של אקווריום:

 לא מתחילים לפני ניתוק של הפילטר מהחשמל.

 ניתוק: בשלב הראשון, מנתקים את כל הצינורות מהפילטר ופותחים אותו.

 ניקוי חומרי סינון: בתוך הפילטר יש חומרי סינון שונים כמו צמר, פחם, מדיה ביולוגית, וספוגים. חשוב להחליף את הצמר והפחם בתדירות של פעם בכמה חודשים (מומלץ להתייעץ עם המוכר בחנות שממנה קניתם את הפילטר). לעומת זאת, את הספוגים והמדיה הביולוגית צריך לשטוף במי אקווריום. למה? בגלל שהספוגים והמדיה מכילים אוכלוסיית חיידקים חשובה לאקווריום, שתישמר רק בשטיפה עם מים מהאקווריום עצמו. לכן כדאי לשלב את ניקוי הפילטר עם החלפת מים באקווריום. אחר כך תחזירו את כל חומרי הסינון לגוף הפילטר.

 שטיפת חלקים: בשלב הזה אתם שוטפים את שאר חלקי הפילטר במים נקיים. אפשר לנקות את הצינורות עם מברשת מיוחדת לניקוי צינורות.

 חיבור לחשמל: בשלב האחרון אתם מחזירים את כל החלקים למקומם ומחברים את הפילטר לחשמל. זהו. כמובן אל תשכחו - ניקוי אקווריום כולל גם ניקוי של הדפנות והקרקעית.