הדיקור היפני התפתח מהדיקור הסיני, והוא בעצם סוג של תת קטגוריה שלו. יש כמה הבדלים עיקריים בין דיקור סיני לדיקור יפני:
המחטים: בדיקור יפני, המחטים הרבה יותר דקות וחדות מאשר בדיקור סיני. הדקיקות הזאת היא גם הסיבה שבדיקור יפני המחטים ינעצו בעור באופן הרבה יותר שטחי, בניגוד לדיקור סיני שדורש החדרה עמוקה יותר של המחטים.
האבחון: בדיקור יפני יש חשיבות רבה לאבחון במישוש ולא רק בתשאול, והמטפל יחוש את האיזור היטב לפני החדרת המחטים על מנת לבחור את הנקודה המתאימה ביותר.
שיטת ההחדרה: בדיקור יפני נהוג להשתמש בצינוריות מנחות, להניח אותן על העור ודרכן להחדיר את המחט. לעומת זאת, בדיוק סיני אין שום אביזרים נלווים והמחטים מוחדרות לעור באופן ישיר.