מבנה אנטומי היא שכבה שמפסלת את הציפורן כך שתהיה "מושלמת", כלומר אחידה ובלי שקעים. יישום מבנה אנטומי מחליק ומחזק את הציפורן ובכך משפר את המראה הסופי של לק הג'ל.
איך מיישמים מבנה אנטומי? בעזרת ג'ל בסיס או חומרי בניית ציפורניים, כמו אקריל. המטרה היא שהציפורן תהיה עבה במרכזה ותלך ותידקק כך שתישאר גמישה ולא תישבר בקלות.
לא בכל מריחת לק ג'ל צריך לעשות מבנה אנטומי. היישום יאריך את הטיפול, שנמשך לרוב בין 30-45 דקות.