ניכוי מס במקור זה הליך תשלום מס שקורה בזמן תשלום על עסקה שנעשית בין שני עסקים (שאינם עוסקים פטורים). מה זה אומר? העסק שנחשב "לקוח" בעסקה, מפריש מראש אחוז מסוים מסכום העסקה לרשות המיסים ואת שאר סכום העסקה משלם ישירות לנותן השירות.

גובה האחוז משתנה בין עסקים שונים - הוא נקבע לפי ממוצע הענף של העסק וניתן להתמקח עליו. אחוז זה יקבע את הסכום שיועבר למס הכנסה בכל עסקה על ידי הלקוח, במעמד התשלום, במקום על ידי העסק בסוף החודש או השנה.

לדוגמא: חשמלאי שביצע עבודה לבית עסק בשווי 1,000 ש"ח ושיעור מס ההכנסה שלו הוא 5%, העסק שהזמין את הטכנאי ישלם לטכנאי 950 ש"ח ואת ה50 ש"ח הנותרים יעביר לרשות המיסים.

למה כל הבלאגן הזה? בעיקר כי מס הכנסה רוצה למנוע העלמות מס של עסקים.