תשלום אגרת בנייה מתבצע בהתאם לתקנות הרשות המקומית שאליה הגשתם את היתר הבנייה. ברוב הרשויות, תשלמו אגרת בנייה בשתי פעימות. כשתגישו את תיק הבקשה להיתר בנייה תדרשו לשלם פקדון של 20% מאגרת הבנייה, ואת שאר הסכום תצטרכו להשלים לפני סוף הוצאת ההיתר.