מלכ"ר (מוסד ללא כוונת רווח) בדרך כלל לא משלם מע"מ על ההכנסות שלו, בגלל שהוא לא נתפס כ"עוסק" על פי חוק - אבל הוא עדיין חייב להירשם במע"מ ולהגיש דוחות באופן שוטף, גם אם הוא פטור מתשלום.
יש 3 מקרים בהם מלכ"ר כן עשוי להיות חייב בתשלום מע"מ:
פעילות עסקית: אם מלכ"ר מפעיל פעילות עסקית לצד הפעילות המקורית, הוא עשוי להיות חייב בתשלום מע"מ.
עסקת אקראי: אם מלכ"ר מבצע עסקת אקראי, כמו מכירת נכס מקרקעין, הוא עשוי להיות חייב בתשלום מע"מ על העסקה.
רכישות: מלכ"ר כן משלם מע"מ על רכישות שהוא מבצע, לדוגמא על ציוד משרדי, שירותי ניקיון ועוד.